Средства у оквиру ИПА програма прекограничне и транснационалне сарадње се користе у циљу jачања сарадње кроз заједничке локалне и регионалне иницијативе које имају за циљ унапређење oдрживог, привредног и друштвеног развоја. За период 2014-2020 године, ЕУ је за програме прекограничне и транснационалне сарадње у којим учествује Србија издвојила више од 260 милиона евра.

Програми првенствено подржавају спровођење пројеката са циљем подстицања развоја предузетништва, туризма, иницијативе за унапређење запошљавања, једнакости полова и једнаких могућности за све.

Такође се подржавају пројекти са циљем подстицања и унапређења заштите и управљање природним и културним ресурсима, као и превенцију природних и технолошких ризика. Развојем сарадње, капацитета и заједничког коришћења инфраструктуре, посебно у секторима као што су здравство, култура, туризам и образовање, тежи се унапређењу веза између градских и сеоских средина и смањењу њихове изолованости кроз побољшани приступ транспортним, информативним и комуникационим мрежама и услугама. Поред тога, приоритет представља и побољшање приступа пограничним водама, као и постројењима за одлагање и прераду отпада и енергетским системима.

Програми се спроводе на претходно дефинисаним територијама које, за програме прекограничне сарадње, чине пограничне области двеју суседних држава. За транснационалне програме то су веће територије целих или делова држава које деле неке заједничке географске, економске или историјске карактеристике. Дефинисање и анализа обухваћене територије, области подршке или тематски циљеви, финансијске алокације као и опис система за спровођење програма дефинисани су у оквиру седмогодишњег програмско-планског документа. Програм заједнички дефинишу земље учеснице а одобрава га Европска комисија. Пројекти који се спроводе у оквиру ИПА програма прекограничне и транснационалне сарадње се додељују кроз јавне позиве за пријаву предлога пројеката.

За координацију и спровођење програма прекограничне и транснационалне сарадње у којима учествује Република Србија задужен је Сектор за програме прекограничне и транснационалне сарадње и сарадњу са органима и организацијама на локалном и регионалном нивоу ради ефикаснијег коришћења фондова Министарства за европске интеграције. Сектор пружа подршку и за учешће Србије у макрорегионалним стратегијама ЕУ.

Земље учеснице у програму формирају заједничке секретаријате програма који се налазе или на територији Србије или на територији суседне партнерске земље у зависности од тога која земља је одговорна према Европској комисији за спровођење самог програма. Тако се за програме са државама чланицама ЕУ, заједнички секретаријати налазе у земљи чланици која руководи програмом док се у Србији налазе представништва или антене тих секретаријата (Суботица, Ниш и Сремска Митровица). За програме са Босном и Херцеговином, Црном Гором и БЈР Македонијом, заједнички технички секретаријати се налазе у Србији (Ужице, Пријепоље и Лесковац) док се њихова представништва налазе у суседној земљи. Секретаријати пружају подршку институцијама које спроводе програм али и подносиоцима и корисницима пројеката на терену.

У периоду 2007-2013. Република Србија је учествовала у 7 програма прекограничне сарадње (са Мађарском, Бугарском, Румунијом, Хрватском, Босном и Херцеговином, Црном Гором и ИПА Јадранском програму) и једном програму транснационалне сарадње - Програму Југоисточна Европа.

У периоду 2014-2020. Република Србија учествује у 7 програма прекограничне сарадње са суседним државама (Мађарском, Бугарском, Румунијом, Хрватском, Босном и Херцеговином, Црном Гором и Македонијом) и 2 програма транснационалне сарадње – Јадранско-јонском програму и програму Дунав. Наведени програми се спроводе кроз објављивање позива за подношење предлога пројеката на страници http://www.evropa.gov.rs/CBC/PublicSite/Default.aspx или интернет страницама сваког од програма. Предлоге пројеката могу да подносе организације/институције као што су:

• националне, регионалне и локалне институције и организације као што су: министарства, секретаријати, градови, општине, јавна комунална предузећа;
• библиотеке, установе културе, центри у заједници, културне, историјске или спортске асоцијације, итд;
• невладине, непрофитне организације;
• организације за подршку пословању као што су привредне коморе, пословни центри, асоцијације, секторске асоцијације, локалне трговачке асоцијације, итд.
• агенције за регионални и локални развој;
• органи надлежни за заштиту природе или управљање парковима природе и јавна управа;
• здравствене и образовне институције.